Madagascar est essentiellement composée d’un socle cristallin qui forme une élévation topographique longeant l’île du Nord au Sud. Il s’agit avant tout d’un pays de montagnes. On distingue trois chaînes montagneuses : le massif d’Ambre au Nord, le massif de l’Ankaratra au centre et les chaînes Anosyennes au Sud. Le point culminant de l’île est le Maromokotra qui s’élève à une altitude de 2 880 mètres.

C'est le volcanisme qui est à l’origine de l’orogenèse, en témoigne le volcan de l’Androy au Sud ou le volcan à l’origine de du massif d’Ambre.

La Grande Île ne compte pas de désert à proprement parler. On recense certaines zones sans aucune présence humaine mais il s’agit de savanes ou de steppes.

En revanche le Sud-Ouest de Madagascar est caractérisé par un climat sub-aride et offre des paysages désertiques où seules vivent des plantes xérophytes, c’est-à-dire des plantes qui se sont acclimatées à un milieu sec.

Les plaines de Madagascar ne couvrent pas de grands espaces, hormis les plaines de l’Alaotra, de Marovoay et de Betsimitatatra. C’est au sein de cette dernière que se trouve la capitale Antananarivo. Les plaines sont très importantes pour le pays car elles constituent des espaces agricoles à haut rendement économique.

Une classification des plaines malgaches peut être établie en fonction de l’altitude. C’est l’existence du socle cristallin qui a causé des disparités dans l’élévation topographique.  Les plaines de moyenne et haute altitude se situent sur le socle cristallin alors que les plaines de basse altitude se trouvent sur les côtes ou au début de l’arrière-pays à l’instar de ce qu’on observe sur la côte Est.

Malgré la grande superficie de l’île de Madagascar, les lacs ne couvrent qu’une faible proportion de son territoire. Seuls 1 175 011 hectares, soit 2% de sa superficie, sont occupées par eux. Le plus grand lac de Madagascar est celui d’Alaotra avec ses 135 000 hectares. D’autres lacs majeurs peuvent être cités comme le lac Kinkony, le lac Ihotry, le lac Itasy le lac Tsimanampetsotsa et le lac Tritriva.

Dotés d’une biodiversité très riche, les lacs permettent aux populations locales de vivre des produits issus de la pêche.

Aujourd’hui presque tous les lacs de Madagascar sont soumis au régime de la Convention sur les zones humides, ou Convention de Ramsar. Ce régime de protection permet de reconnaître officiellement leurs fonctions écologique, économique, récréative et culturelle.