Les mammifères de Madagascar se sont diversifiées et se sont multipliés en occupant les différentes niches écologiques devenues libres consécutivement à la séparation de l’île du continent africain et de l’Inde. Leurs caractéristiques principales sont leur petite taille et le fort taux d’endémisme de chaque groupement. Les grands mammifères africains comme l’éléphant, la girafe, le rhinocéros ou encore le zèbre sont absents de la Grande Île. Le mammifère emblématique de Madagascar n’est autre que le lémurien. Il est aussi le plus menacé en raison de la destruction de son habitat par l’homme (braconnage, déforestation).

Madagascar est un paradis pour les ornithologues et les amateurs d’oiseaux en raison de la grande variété d’espèces et du fort taux d’endémisme. On recense 294 espèces d’oiseaux dont 107 sont endémiques. Une trentaine est sous la menace constante d’une disparition. La majeure partie de l’avifaune de la Grande Île se situe dans les zones forestières et humides.

Le plus célèbre oiseau de Madagascar est sans conteste l’aepyornis qui a disparu il y a plusieurs siècles. Cet oiseau, surnommé « oiseau-éléphant » en raison de sa masse et de son volume considérables, était incapable de voler. Les œufs qu’il pondait pouvaient atteindre une contenance de 8 litres. Par comparaison, le volume moyen d’un œuf d’autruche est d'un litre. Aujourd’hui, les quelques traces de cet oiseau subsistent à travers des squelettes et des fragments d’œufs qui peuvent être observées au Musée de l’Académie malgache à Antananarivo ou au sud de l’île dans leurs anciens habitats.

On dénombre pas moins de 406 espèces de reptiles à Madagascar avec un taux d’endémie de 90%. Crocodiles, tortues, serpents ou encore caméléons sont très prisées des braconneurs et sont constamment menacés d’extinction.

La tortue incontournable de la Grande Île n’est autre que l’Astrochelys radiata, dite aussi tortue étoilée ou tortue rayonnée. Encore présente en abondance, elle fait toutefois l’objet d’un traffic intensif. Sa longévité peut atteindre une centaine d’années. L’une d’entre elles a même vécu 188 ans auprès de la famille royale tongane, entre le XVIIIe siècle et le XXe siècle.

Les serpents de Madagascar ne sont pas dangereux pour l’homme. Ils peuvent être observés dans les réserves et parcs nationaux contenant des forêts pluviales,

Les caméléons vivent dans les forêts pluviales, même si certains se sont adaptés à des climats plus secs. Ils sont particulièrement sensibles au défrichement. L’espèce la plus répandue de Madagascar est le caméléon panthère qui vit dans de nombreux habitats et peut être trouvé dans des zones herbeuses.

Quant aux crocodiles, il n’en existe qu’une seule espèce à Madasgascar, Crocodylus niloticus. C’est un redoutable prédateur qui peut atteindre une longueur de 6m et peser jusqu’à une tonne. Une autre espèce fut auparavant présente sur l’île, Crocodylus robutus, mais elle a disparu.

Enfin un grand nombre de geckos peut être rencontré sur l’île, même en milieu urbain. Les plus connus sont des espèces diurnes reconnaissables à leur peau d’un vert vif et tacheté.