Madagascar est une île qui baigne dans l’Océan Indien, océan qui est caractérisé par des eaux de surface chaudes peu sujettes aux écarts de température. Le plateau continental de l’île est large de 5 à 60 milles. Sur les côtes Est et Sud-Est de Madagascar, le plateau est large de 5 à 25 milles et descend brutalement jusqu’à 5 000 m de profondeur. Par contre sur les côtes Ouest et Sud de l’île, la largeur moyenne du plateau continental est de 55 milles et il s’enfonce doucement jusqu’à 4 000 m de profondeur.
L’Océan Indien est un véritable réservoir de ressources surtout pour Madagascar qui compte environ 5 000 km de côte et une zone économique exclusive qui s’étend jusqu’à 200 milles d’après la convention de Montego Bay. Cependant l’Etat ne parvient pas à maîtriser cette zone économique exclusive et ses ressources sont sous exploitées ou pillées par des pêcheurs venues d’ailleurs.
De nombreuses espèces d’animaux marins existent dans les eaux malgaches : tortues, requins, dauphins, … Madagascar est notamment célèbre pour les baleines à bosse qui passent du côté Est de l’île entre juin et octobre pour s’accoupler et mettre bas dans ces eaux chaudes. C’est aussi dans les eaux malgaches qu’un fossile vivant, le Cœlacanthe, a été découvert en 1935. Ce poisson a des nageoires qui évoquent les pattes des vertébrés et appartient à un groupe que l’on croyait disparu depuis 80 millions d’années.

Les lagons incontournables de Madagascar se trouvent à Morombe et Ifaty dans la région côtière située entre Tuléar et Morondava. La barrière de corail a permis de protéger à merveille la faune et la flore endémiques.

Sur la côte Est se trouve un autre lagon à Foulpointe dans un cadre très privilégié avec plage de sable fin et mer bleue turquoise.

Dans le Canal de Mozambique et dans l’Océan Indien, les petites îles en périphérie de Madagascar sont aussi bordées superbes lagons, particulièrement favorables à la plongée sous-marine.

Le domaine indo-pacifique, dont Madagascar fait partie, se caractérise par les récifs coralliens. Ceux-ci s’étendent sur plus d’un tiers des côtes malgaches, soit une distance de près de 1 400 km. Les récifs de corail, les bancs coralliens et les hauts fonds du large couvrent une superficie de 2 400 km². Ces récifs sont plus développés sur la côte Ouest et s’étendent du Nord au Sud d’Antsiranana jusqu’à Androka. À l’Est, ils se déploient du Cap d’Ambre jusqu’à Tamatave.

Les récifs coralliens forment un écosystème très riche où de nombreuses espèces vivent abondance. Ils sont pourtant sous la menace constante de l’activité humaine et du changement climatique. Ce sont des zones d’intérêts scientifique et touristique majeures qu’il convient de préserver de façon impérative.   

En tant que cinquième île la plus grande au monde, Madagascar dispose de plus de 5 000 km de littoral. De plus, la Grande Île compte de multiples îlots dans ses alentours avec de nombreuses baies. Les plages de Madagascar sont très diverses, leur composition pouvant varier du sable fin à des blocs rocheux. Que ce soit sur la côte Ouest ou sur la côte Est, il est possible de trouver de véritables paradis. Une distinction peut néanmoins être faite entre les deux côtes. À l’Est, où le plateau continental s’enfonce brutalement dans l’Océan Indien, les rivages sont plus rectilignes et l’eau y est plus froide que dans le Canal du Mozambique. À l’Ouest en effet le plateau continental glisse avec lenteur sous le Canal. En revanche les côtes y sont plus accidentées.