Les principales compagnies aériennes qui assurent des vols extérieurs sont Air Madagascar, Airlink (compagnie sud-africaine), Air France, Kenya Airways, Air Austral, Air Mauritius, Corsair Fly et STA Aviation Madagascar. Précisons que cette dernière compagnie propose tous types de vols, qu’il s’agisse de voyages d’affaires, d’évacuation sanitaire ou de vols touristiques, sur l’ensemble de l’Océan Indien.

Il est possible de rejoindre Madagascar en bateau, en prenant place à bord d’un cargo mais il vous faudra compter 35 jours depuis la France et faire preuve de beaucoup de détermination. Six ports long-courriers internationaux et douze ports de cabotage répondent aux besoins de la communication maritime avec la région océan indien, l'Europe et l'Asie. Des voyages en croisière passent autour de l’île. Les escales incontournables sont alors Nosy Be, Mahajanga, Toalanaro, Tamatave et Antsiranana car ce sont les seules villes portuaires en mesure d’accueillir des bateaux de croisière.

Le port le plus important de Madagascar est celui de Tamatave. C’est une plate-forme du commerce maritime en pleine expansion qui dessert tout l’Océan Indien et qui relie directement les grands ports asiatiques, européens et américains. Des bateaux de tailles diverses (de la barge à la pirogue) permettent de relier les îles de Nosy Be (au départ d’Ankify ou de Mahajanga) et Sainte-Marie (au départ de Sonierana-Ivongo). Des bateaux relient fréquemment le port de Mahajanga aux Comores. Des navires rejoignent l'île Maurice et la Réunion (au départ de Tamatave). Se renseigner auprès des agences maritimes installées sur le port, la procédure est longue mais les tarifs attractifs.

Avec de bons contacts, une grande patience, assez d'argent, vous pourrez peut-être embarquer sur des voiliers de croisière. La saison de navigation va du mois d’avril à novembre. Les ports les plus propices à la recherche d'une place d'équipier sont  Nosy Be, Tamatave, Mahajanga et l'île Sainte-Marie. Le nombre d'étranger arrivant ou partant par voie maritime est si faible que les procédures de douane et d'immigration semblent improvisées, voire inexistantes. Parfois, aucun douanier ne se présente au débarquement et il vous faudra aller jusqu'au bureau de l'immigration pour valider le visa d'entrée ou de sortie. Les services destinés aux plaisanciers étant absent dans les ports malgaches, rares sont ceux qui croisent au large de Madagascar.

Avec 5000 km de côte et une centaine d'îles et d'îlots, Madagascar présente de nombreuses occasions d'emprunter des embarcations légères qui se déplacent à la voile, à la pagaie ou au moteur. Certaines compagnies de navigation faisant la liaison entre les ports de l'île acceptent de prendre des passagers à bord. Le cabotage est surtout fonctionnel sur les côtes Ouest car moins dangereux que sur les côtes Est, et se fait généralement sur des boutres. Il pallie au mauvais état des routes ou à leur absence. Comme pour les taxis-brousses les accidents ne sont pas sans conséquences, le naufrage d’un boutre en juin 2015 au large de Morondava a fait 28 morts. La construction de boutre nécessite au moins six mois de travail. Sa construction est encadrée par des rites destinés à s’assurer de la bénédiction de Zanahary (Dieu) et des ancêtres, garants de la solidité du navire et de sa longévité. L’intuition du marin prime sur les instruments de navigation, le capitaine connaissant aussi bien la mer qu'un paysan connaît la terre.

Les pirogues, ou lakana, constituent souvent le moyen de locomotion principal entre les villages côtiers isolés. Il est possible de négocier la location d'une pirogue pour la journée. La pirogue à balanciers d’origine Indonésienne reste l'outil indispensable du pêcheur malgache, surtout chez les Vezo (ethnie de pêcheurs du sud-ouest).